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像往年一样，九岁的小学生胡涂，暑假来到了神农架，在林区上班的舅舅王教授家里玩，恰好遇上林区在有关部门的帮助下，准备派王教授为队长，组成一个四人考察团，穿越到上古的神农时代，找到正在神农架找草药的神农大帝等人，开展考察工作。
考察团的任务，除了帮助神农大帝辨别草药、熟识药性，还要在当时的神农架原始森林中踏勘一遍，以确认传说中的野人、鸡冠蛇、驴头狼、巨型蟾蜍、巨型老虎等，是不是真的存在，如果是的话，则需要用相机和摄像机拍下珍贵的图像资料，然后带回来公之于众。
王教授是动物专家，同行的李教授是中草药专家，林区派出所的张所长则带着手枪，来负责考察团的安全，另外还需要一个小学生，作为孩子的代表，也参加考察行动，从而让神农大帝等先人，全面了解后人的情况。
在李教授和张所长的推荐下，林区负责人答应给一个面试机会，胡涂也非常想参加这次考察行动，最后通过当面考核，胡涂成了考察团的成员。
接下来，王教授等四人坐着时光穿梭机，来到了神农大帝等人在刘享寨的树房子。
双方见面后，神农大帝发现中草药专家李教授，对自己所采的草药非常熟悉，一下子就解决了困扰他多日的难题，于是惺惺相惜，主动提出来说，愿意亲自带着穿越而来的四位后人，再去神农架林海走一趟，自己可以认识更多的草药不说，也让后人顺利完成考察任务。
一行人进入林海，先后遇上了传说中的鸡冠蛇、巨型老虎、野马、驴头狼、野牛、野人和巨型蟾蜍等，在成功脱险后，拍下了珍贵的照片和视频。
他们没有想到，在穿越林海时，竟然遇上了擅自穿越而来，又枪杀野人的东亚某国考察团，神农大帝、王教授等没有进行驱赶，反而邀请幸存的三人一起同行。
东亚某国考察团的队长高个子，心胸狭隘，见穿越而来的中国考察团，也拍摄了大量的照片和视频，使他们想独家公布神农架野人真相的考察目的，很可能成为泡影，便想方设法毁坏王教授和李教授身上携带着的相机、摄像机和内存卡，双方开始了斗智斗勇……